سرویس همردیفسازی یا Sequence Alignment برای پژوهشگران، دانشجویان، آزمایشگاهها و مجموعههای تحقیقاتی ارائه میشود که قصد دارند شباهتها، تفاوتها و نواحی conserved میان توالیهای DNA، RNA یا پروتئینی را بهصورت دقیق و علمی بررسی کنند. این خدمت یکی از تحلیلهای پایه و بسیار مهم در زیستمولکولی و بیوانفورماتیک است و در مطالعاتی مانند شناسایی جهشها، بررسی روابط تکاملی، مقایسه ژنها و پروتئینها، طراحی پرایمر، ارزیابی نواحی عملکردی و تحلیل دادههای توالییابی کاربرد فراوان دارد. در این سرویس، توالیها با استفاده از روشها و نرمافزارهای معتبر بهصورت pairwise یا multiple alignment بررسی میشوند تا میزان شباهت، جایگاه تغییرات، حذفها، اضافهشدگیها و نواحی حفاظتشده با دقت مشخص شود. هدف از ارائه این خدمت، فراهم کردن یک تحلیل دقیق، استاندارد و قابل استناد از توالیها است تا کاربر بتواند بر اساس آن تصمیمگیری پژوهشی، تفسیر زیستی و نگارش علمی مناسبی انجام دهد.
برای انجام دقیق سرویس همردیفسازی، لازم است توالیهای موردنظر در فرمتهای استاندارد مانند FASTA یا بهصورت متنی قابل خواندن در اختیار ما قرار گیرد. همچنین باید مشخص شود که نوع توالیها DNA، RNA یا پروتئین است و هدف اصلی از همردیفسازی چیست؛ زیرا نوع تحلیل بر اساس هدف پروژه میتواند متفاوت باشد. در صورتی که کاربر بخواهد توالی نمونه خود را با یک توالی مرجع، ژن خاص، سویه مشخص یا مجموعهای از توالیها مقایسه کند، لازم است اطلاعات مربوط به توالی مرجع، نام ژن، ارگانیسم، accession number یا منبع داده نیز ارائه شود. علاوه بر این، اگر هدف کاربر بررسی جهش، یافتن نواحی conserved، مقایسه بین گونهها، طراحی آزمایشهای بعدی یا استخراج نتایج برای مقاله باشد، اعلام این موارد به انتخاب روش مناسب برای alignment و تفسیر دقیقتر خروجی کمک زیادی میکند. هرچه دادههای ورودی و توضیحات پروژه کاملتر و دقیقتر باشند، نتیجه نهایی کاربردیتر و متناسبتر با نیاز پژوهشی کاربر خواهد بود.
در پایان سرویس همردیفسازی، خروجی نهایی بهصورت یک گزارش تحلیلی دقیق در اختیار کاربر قرار میگیرد که میتواند شامل فایل alignment، نمایش نواحی مشابه و متفاوت، درصد شباهت یا identity، محل mismatchها، insertionها و deletionها و در صورت نیاز تفسیر اولیه نتایج باشد. بسته به هدف پروژه، خروجیها ممکن است بهصورت جداول، فایلهای متنی استاندارد، تصویر alignment یا گزارشهای قابل استفاده در مقاله و پایاننامه آماده شوند. اگر همردیفسازی برای بررسی جهش، شناسایی نواحی حفاظتشده یا مقایسه توالی با مرجع انجام شده باشد، این موارد نیز بهصورت مشخص در نتیجه نهایی نشان داده میشوند. هدف نهایی این سرویس، ارائه یک تحلیل شفاف، دقیق و قابل استناد از روابط و تفاوتهای میان توالیها است تا پژوهشگر بتواند با اطمینان بیشتر از نتایج در تحلیلهای تکمیلی، تفسیر زیستی و مستندسازی علمی استفاده کند.
