سرویس شناسایی ORF و ترجمه توالی نوکلئوتیدی به پروتئین برای پژوهشگران، دانشجویان، آزمایشگاهها و مجموعههای تحقیقاتی ارائه میشود که قصد دارند از روی توالیهای DNA یا RNA، نواحی کدکننده احتمالی را شناسایی کرده و توالی اسیدآمینهای متناظر را بهصورت دقیق استخراج کنند. این خدمت در مطالعات ژنتیک مولکولی، بیوانفورماتیک، کلونینگ، بررسی ژنهای جدید، تحلیل توالیهای حاصل از توالییابی و ارزیابی ظرفیت کدکنندگی رونوشتها کاربرد فراوان دارد. در این سرویس، توالی نوکلئوتیدی با استفاده از روشها و ابزارهای معتبر بررسی میشود تا فریمهای خوانش باز، کدون آغاز و پایان، طول ORF و توالی پروتئینی حاصل بهصورت دقیق مشخص شود. همچنین در صورت نیاز، امکان بررسی چندین فریم خوانش، مقایسه بین ORFهای مختلف و تحلیل اولیه ویژگیهای توالی ترجمهشده نیز وجود دارد. هدف از ارائه این خدمت، فراهم کردن یک تحلیل دقیق، استاندارد و قابل استناد برای شناسایی نواحی کدکننده و تولید توالی پروتئینی قابل استفاده در مطالعات پژوهشی و کاربردی است.
برای انجام دقیق سرویس شناسایی ORF و ترجمه توالی نوکلئوتیدی به پروتئین، لازم است توالی موردنظر در فرمت استاندارد مانند FASTA یا بهصورت متنی قابل خواندن در اختیار ما قرار گیرد. همچنین باید مشخص شود که توالی مربوط به DNA ژنومی، cDNA، mRNA یا یک ناحیه خاص از ژن است و متعلق به چه ارگانیسمی میباشد. در صورتی که کاربر توالی مرجع، نام ژن، موقعیت تقریبی ناحیه کدکننده یا هدف خاصی مانند یافتن طولانیترین ORF، بررسی یک رونوشت خاص، تحلیل توالی دارای جهش یا آمادهسازی برای کلونینگ و بیان پروتئین داشته باشد، ارائه این اطلاعات به دقت و کاربردی بودن تحلیل کمک زیادی میکند. اگر پروژه شامل مقایسه چند توالی، بررسی فریمهای مختلف یا تحلیل توالیهایی با ساختار ناشناخته باشد، توضیح دقیق هدف پژوهش و نوع خروجی مورد انتظار باعث میشود تحلیل نهایی متناسبتر با نیاز کاربر انجام شود. هرچه اطلاعات ورودی کاملتر و دقیقتر باشد، نتیجه نهایی از نظر زیستی و کاربردی تفسیرپذیرتر خواهد بود.
در پایان سرویس شناسایی ORF و ترجمه توالی نوکلئوتیدی به پروتئین، گزارشی دقیق از نواحی کدکننده احتمالی و توالی پروتئینی حاصل در اختیار کاربر قرار میگیرد. این خروجی میتواند شامل موقعیت ORFها، فریم خوانش، کدون شروع و پایان، طول ناحیه کدکننده، توالی اسیدآمینهای ترجمهشده و در صورت نیاز تفسیر اولیه درباره مناسبترین ORF یا ویژگیهای کلی توالی پروتئینی باشد. بسته به هدف پروژه، نتایج ممکن است بهصورت فایل متنی استاندارد، جداول خلاصه، خروجیهای آماده برای مقاله و پایاننامه یا گزارشهای تحلیلی قابل استفاده در طراحی آزمایشهای بعدی تنظیم شوند. در پروژههایی که شامل چند ORF، چند توالی یا بررسی اثر جهشها هستند، تفاوتها و نکات مهم بهصورت مشخص در گزارش نهایی منعکس میشود. هدف نهایی این سرویس، ارائه تحلیلی شفاف، دقیق و قابل استناد از ظرفیت کدکنندگی توالیهای نوکلئوتیدی و تولید خروجی قابل استفاده برای پژوهشهای ژنتیکی، مولکولی و بیوانفورماتیکی است.
