سرویس پیشبینی ساختار ثانویه RNA برای پژوهشگران، دانشجویان، آزمایشگاهها و مجموعههای تحقیقاتی ارائه میشود که قصد دارند نحوه تاخوردگی و آرایش درونمولکولی RNA را بهصورت دقیق و علمی بررسی کنند. ساختار ثانویه RNA نقش بسیار مهمی در پایداری مولکول، تنظیم بیان ژن، برهمکنش با پروتئینها و سایر مولکولها و عملکردهای زیستی RNAهای مختلف مانند mRNA، miRNA، siRNA، lncRNA و ribozymeها دارد. در این خدمت، توالی RNA با استفاده از الگوریتمها و نرمافزارهای معتبر بیوانفورماتیکی تحلیل میشود تا نواحی جفتشونده، لوپها، stemها، hairpinها و الگوهای ساختاری محتمل شناسایی شوند. این سرویس در مطالعات عملکرد RNA، طراحی RNAهای مهندسیشده، بررسی نواحی تنظیمی، تحلیل miRNA و ارزیابی اثر جهشها بر ساختار مولکولی کاربرد گستردهای دارد. هدف از ارائه این خدمت، فراهم کردن یک تحلیل دقیق، استاندارد و قابل استناد از ساختار احتمالی RNA است تا کاربر بتواند از آن در تفسیر زیستی، طراحی آزمایش و توسعه پروژههای پژوهشی خود استفاده کند.
برای انجام دقیق سرویس پیشبینی ساختار ثانویه RNA، لازم است توالی RNA موردنظر در فرمت استاندارد مانند FASTA یا بهصورت متنی قابل خواندن در اختیار ما قرار گیرد. همچنین باید مشخص شود که توالی مربوط به چه نوع RNA و متعلق به چه ارگانیسمی است و هدف اصلی از تحلیل ساختاری چیست. در صورتی که کاربر بخواهد ساختار یک RNA طبیعی، یک توالی سنتزی، یک ناحیه خاص از ژن، پیشساز miRNA یا نسخههای دارای جهش را بررسی کند، لازم است این اطلاعات بهصورت دقیق اعلام شود. اگر هدف پروژه مقایسه ساختار بین چند توالی، بررسی اثر mutation، شناسایی نواحی پایدار یا انتخاب توالی مناسب برای طراحیهای بعدی باشد، ارائه این جزئیات به انتخاب روش تحلیلی مناسب و تفسیر بهتر نتایج کمک زیادی میکند. هرچه اطلاعات ورودی، طول توالی، موقعیت ناحیه مورد بررسی و هدف زیستی پروژه کاملتر باشد، خروجی نهایی دقیقتر و متناسبتر با نیاز پژوهشی کاربر خواهد بود.
در پایان سرویس پیشبینی ساختار ثانویه RNA، گزارش نهایی بههمراه خروجیهای تحلیلی در اختیار کاربر قرار میگیرد. این خروجی میتواند شامل نمایش ساختار ثانویه پیشبینیشده، موقعیت stem و loopها، الگوی جفتشدن بازها، مقدار انرژی آزاد یا شاخصهای پایداری ساختار و در صورت نیاز تفسیر اولیه نتایج باشد. بسته به هدف پروژه، نتایج ممکن است بهصورت تصویر ساختار، فایلهای متنی استاندارد، جداول مقایسهای یا گزارشهای مناسب برای مقاله، پایاننامه و ارائه علمی آماده شوند. در پروژههایی که شامل مقایسه بین توالیهای مختلف یا بررسی اثر جهشها هستند، تفاوتهای ساختاری و تغییرات احتمالی پایداری نیز بهصورت مشخص گزارش میشود. هدف نهایی این سرویس، ارائه یک تحلیل شفاف، علمی و قابل استناد از ساختار احتمالی RNA است تا پژوهشگر بتواند با اطمینان بیشتر از آن در تحلیلهای عملکردی، طراحی مطالعات بعدی و تفسیر زیستی استفاده کند.
