سرویس مدلسازی و پیشبینی ساختار پروتئین و داکینگ مولکولی برای پژوهشگران، دانشجویان، آزمایشگاهها و شرکتهای فعال در حوزه زیستفناوری، داروسازی و علوم زیستی طراحی شده است که نیاز دارند ساختار سهبعدی پروتئینها و نحوه برهمکنش آنها با لیگاندها، داروها یا سایر مولکولها را با دقت بررسی کنند. در این خدمت، با استفاده از روشهای محاسباتی و ابزارهای تخصصی، ساختار پروتئین بر اساس توالی یا دادههای موجود پیشبینی یا بازسازی میشود و سپس فرآیند داکینگ مولکولی برای ارزیابی نحوه اتصال، انرژی برهمکنش و موقعیت احتمالی اتصال لیگاند به پروتئین هدف انجام میگیرد. این سرویس در مطالعات طراحی دارو، بررسی عملکرد پروتئین، تحلیل جایگاههای اتصال، مقایسه جهشها و ارزیابی برهمکنشهای مولکولی کاربرد بسیار مهمی دارد. هدف از ارائه این خدمت، فراهم کردن یک تحلیل دقیق، قابل تفسیر و کاربردی از ساختار و رفتار مولکولی پروتئینها است تا پژوهشگر بتواند از نتایج آن در مطالعات بنیادی، پروژههای دارویی و تحقیقات کاربردی استفاده کند.
برای انجام دقیق این سرویس، لازم است اطلاعات مربوط به پروتئین هدف و در صورت نیاز لیگاند یا مولکول مورد بررسی به صورت کامل در اختیار ما قرار گیرد. این اطلاعات میتواند شامل توالی آمینواسیدی پروتئین، شناسه ژن یا پروتئین، ساختار سهبعدی موجود در صورت در دسترس بودن، اطلاعات مربوط به جهشها، ناحیه یا جایگاه فعال موردنظر و همچنین ساختار یا فرمت فایل لیگاند مانند MOL، SDF یا PDB باشد. علاوه بر این، هدف اصلی پروژه نیز باید مشخص شود؛ برای مثال اینکه هدف، پیشبینی ساختار، بررسی جایگاه اتصال، مقایسه چند لیگاند، تحلیل اثر جهش یا ارزیابی قدرت اتصال یک ترکیب دارویی خاص است. هرچه اطلاعات اولیه درباره پروتئین، لیگاند، شرایط مطالعه و سوال پژوهشی دقیقتر و کاملتر ارائه شود، امکان انجام تحلیل هدفمندتر و ارائه نتایج قابل اعتمادتر و متناسبتر با نیاز پروژه فراهم خواهد شد.
در پایان این سرویس، خروجیهای مرتبط با مدلسازی ساختار پروتئین و نتایج داکینگ مولکولی به همراه گزارش تحلیلی در اختیار کاربر قرار میگیرد. این خروجیها میتواند شامل ساختار سهبعدی پیشبینیشده یا بهینهسازیشده پروتئین، فایلهای ساختاری استاندارد، نتایج ارزیابی کیفیت مدل، موقعیتهای احتمالی اتصال لیگاند، انرژیهای اتصال، رتبهبندی حالتهای داکینگ و تصاویر یا نمایشهای گرافیکی از نحوه برهمکنش مولکولها باشد. همچنین در صورت نیاز، تفسیر اولیه نتایج و توضیح درباره اهمیت زیستی یا دارویی برهمکنشهای مشاهدهشده نیز ارائه میشود تا کاربر بتواند از این اطلاعات در نگارش مقاله، طراحی آزمایشهای بعدی یا توسعه پروژههای تحقیقاتی و دارویی استفاده کند. هدف نهایی این سرویس، ارائه یک خروجی دقیق، شفاف و قابل استناد است که به درک بهتر ساختار و عملکرد مولکولی پروتئین و تعاملات آن کمک کند.
